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天諾動態(tài) 行業(yè)新聞 天諾快訊

SIMMR模型中g(shù)eese_data的解讀

作者: 天諾基業(yè)時間:2023-04-27

研究對象是加拿大東部北極地區(qū)的一種淺腹布蘭特鵝(Branta bernicla hrota),在西歐過冬。此鵝非彼鵝,會真飛。

在這里插入圖片描述
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數(shù)據(jù)集中的9個列表

  • mixtures
  • tracer_names
  • source_names
  • source_means
  • source_sds
  • correction_sds
  • concentration_means
  • correction_means
  • groups

1、mixtures

維度為[251x2]的double類型數(shù)組
251行表示數(shù)組中包含251條對Brent Geese血樣的同位素測量數(shù)據(jù)。
2列分別表示d13Cd15N的同位素比率,后綴Pl指plasma即血漿。

  • 用捕鳥炮網(wǎng)捕獲Brent Geese,從脛骨尾靜脈取血液樣本,隨后通過離心將其分離為血漿和細(xì)胞。
  • 送入質(zhì)譜儀分析

 

 

 

 

 

 

 

 1#數(shù)組太長,中間部分省略
2geese_data[["mixtures"]]
3       d13C_Pl d15N_Pl
4  [1,]  -11.36   10.22
5  [2,]  -11.88   10.37
6  [3,]  -10.60   10.44
7  ... ...
8  ... ...
9  ... ...
10[250,]  -27.35    7.54
11[251,]  -29.14    8.80

 

 

 

 

 

 

2、tracer_names

穩(wěn)定同位素的名稱,維度為1x2的字符串?dāng)?shù)組
分別代表,鵝血樣品中要分析的兩種穩(wěn)定同位素

 

 

 

 

 

 

 

1> geese_data[["tracer_names"]]
2[1"d13C" "d15N"

 

 

 

 

 

 

3、source_names

Brent Geese的食物來源名稱,維度為1X4的字符串?dāng)?shù)組
原文中對這幾種食物的描述:

  • 在這里,他們利用大量的Zostera spp.,在10月到12月間迅速消耗殆盡。留在斯特蘭福德湖的鳥類越來越多地利用Enteromorpha spp.和Ulva lactuca (Mathers & Montgomery 1997),自20世紀(jì)70年代中期以來,布倫特鵝也被發(fā)現(xiàn)在內(nèi)陸的農(nóng)業(yè)土地上覓食(Merne et al .),主要是陸生草。此外,鳥類偶爾以當(dāng)?shù)剞r(nóng)業(yè)丟棄的土豆為食。

 

 

 

 

 

 

 

1> geese_data[["source_names"]]
2[1"Zostera"      "Grass"        "U.lactuca"    "Enteromorpha"

 

 

 

 

 

 

4、source_means

數(shù)據(jù)為源中同位素比率均值,維度為4X2的double型數(shù)組
4行,分別表示4中食物來源
2列,分別表示2中同位素比率

  • 從棲息地湖泊周圍的14個地點收集了Brent鵝的植物食物源:Zostera spp.、Enteromorpha spp.、Ulva lactuca和陸生草,保存在−20°C,用于穩(wěn)定同位素分析
  • 所有的樣品都經(jīng)過冷凍干燥,研磨成均勻的粉末,然后稱重放入錫杯進(jìn)行分析

 

 

 

 

 

 

 

1geese_data[["source_means"]]
2       [,1]  [,2]
3[1,] -11.17  6.49
4[2,] -30.88  4.43
5[3,] -11.17 11.19
6[4,] -14.06  9.82

 

 

 

 

 

 

5、source_sds

數(shù)據(jù)為源中同位素比率標(biāo)準(zhǔn)差,維度為4X2的double型數(shù)據(jù)
行代表4種食物來源;
列代表2種同位素類型;

 

 

 

 

 

 

 

1geese_data[["source_sds"]]
2     [,1] [,2]
3[1,] 1.21 1.46
4[2,] 0.64 2.27
5[3,] 1.96 1.11
6[4,] 1.17 0.83

 

 

 

 

 

 

6、correction_means

4種食物來源,2種同位素的營養(yǎng)分餾均值

通過上下文看,此處營養(yǎng)分餾指同位素富集系數(shù)corrections/trophic enrichment factors (TEFs or TDFs),即 Δ A − B = δ A − δ B \Delta_{A-B}=\delta_A-\delta_B ΔAB?=δA?δB?,兩種物質(zhì)間是簡單的相加關(guān)系。

文中關(guān)于修正的描述

在分析中,我們使用了平均δ15N和δ13N值對不同月份采集的布蘭特鵝血漿和血細(xì)胞進(jìn)行分析。
在輸入到模型之前,首先根據(jù)營養(yǎng)分餾(δ15N為3.2,δ13C為1.45)對測量值進(jìn)行調(diào)整。分餾值來自文獻(xiàn)確定的(Bearhop等,1999;Hobson & Bairlein 2003;Evans Ogden, Hobson & Lank 2004)基于圈養(yǎng)鳥類的研究。

 

 

 

 

 

 

 

1geese_data[["correction_means"]]
2     [,1] [,2]
3[1,] 1.63 3.54
4[2,] 1.63 3.54
5[3,] 1.63 3.54
6[4,] 1.63 3.54

 

 

 

 

 

 

7、correction_sds

4種食物來源,2種同位素的營養(yǎng)分餾標(biāo)準(zhǔn)差 

 

 

 

 

 

 

 

1geese_data[["correction_sds"]]
2     [,1] [,2]
3[1,] 0.63 0.74
4[2,] 0.63 0.74
5[3,] 0.63 0.74
6[4,] 0.63 0.74

 

 

 

 

 

 

8、concentration_means

4種食物來源中,2種同位素的濃度依賴均值
當(dāng)實驗室進(jìn)行同位素比率測定時,同時也可以測定元素的濃度。

在一個典型的混合模型應(yīng)用中,食物來源和消費者組織采用了13C和15N值,有一個隱含的假設(shè)是,每個來源對消費者貢獻(xiàn)的C的比例與它貢獻(xiàn)的N的比例相同。但是,如果C和N濃度差異很大,以致源的C:N比例非常不同,那么這可能是一個站不住腳的假設(shè)。此時,就需要考慮食物來源中元素濃度的巨大差異。

由于同位素混合模型評估的是消費者吸收的食物來源的比例,而不僅僅是消費者攝入的食物,因此攝入食物中的元素濃度可能不是最合適的衡量標(biāo)準(zhǔn)。相反,大分子成分(例如,蛋白質(zhì)、脂類、碳水化合物的%)、這些大分子成分的消化率以及C和N濃度將決定從每種食物源吸收的C和N的數(shù)量;Koch和Phillips(2002)展示了這些計算是如何進(jìn)行的。
在這里插入圖片描述
4種食物來源種的C和N的含量測定:

  • 測定蛋白質(zhì)含量的標(biāo)準(zhǔn)方法依賴于用凱氏定氮法測定氮含量(AOAC 1975)。這里我們使用質(zhì)譜法獲得的氮的百分比作為相對蛋白質(zhì)含量的測量。
  • 我們發(fā)現(xiàn),Mathers & Montgomery (1997) (r2 = 0.96)和Charman (1979) (r2 = 0.93)發(fā)表的碳值百分比和能量值之間存在很強的相關(guān)性,因此我們使用碳百分比作為能量含量的度量。

 

 

 

 

 

 

 

1geese_data[["concentration_means"]]
2     [,1] [,2]
3[1,] 0.36 0.03
4[2,] 0.40 0.04
5[3,] 0.21 0.02
6[4,] 0.18 0.01

 

 

 

 

 

 

9、groups

251個字符串的列表,分別對應(yīng)數(shù)據(jù)集中的8個采樣時期。和原文數(shù)據(jù)有些出入,可能有些采樣數(shù)據(jù)并未使用。

  • 原文對采樣時期的描述

    • 在為期2年的研究期間,在冬季的9個月中我們在斯特蘭福德湖周圍的5個地點和斯特蘭福德湖南部的1個地點(2005年1月)捕獲并標(biāo)記了406只鳥類。(表1)。
      在這里插入圖片描述
  • 列表很長,中間省略

 

 

 

 

 

 

 

1> geese_data[["groups"]]
2  [1"Period 1" "Period 1" "Period 1" "Period 1" "Period 1" "Period 1" "Period 1"
3  [8"Period 1" "Period 1" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2"
4 [15"Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2"
5 [22"Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2"
6 ... ... ...
7[232"Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8"
8[239"Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8"
9[246"Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8"

 

 

 

 

 

 

 

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由北京天諾基業(yè)科技有限公司甄曉杰提供相關(guān)新聞稿